L’état d’un cours d’eau est une donnée complexe à mesurer et difficilement synthétisable. En effet, l’état d’un cours d’eau ne peut pas simplement se résumer à un adjectif ou à une note, et il peut évoluer selon l’époque de l’année. Cependant, les Agences de l’Eau ont mis en place un méthodologie nationale, déclinée des objectifs imposés par la Directive Cadre sur l’eau (DCE), afin de dresser un état des lieux de tous les bassins versants commun à tous les territoires français. Cette méthodologie est appliquée à l’échelle des « masses d’eau », c’est-à-dire à des bassins versants de petites tailles, les grands bassins versants étant découpés en plusieurs masses d’eau (par exemple, sur le BV de Bave est découpé en 8 masses d’eau). Cet état des lieux DCE est constitué d’un « état écologique » (physico-chimie et biologie) et d’un « état chimique », qui reflètent des « pressions » allant de « minimes » à « significative ». Dans le cadre du SDAGE, chaque masse d’eau a un objectif d’atteinte d’un état à une échéance donnée (exemple : le SDAGE 2016-2021 fixe pour la Souvigne un objectif d’atteinte du « bon état » à l’horizon 2021)
L’état écologique est l’appréciation de la structure et du fonctionnement des écosystèmes aquatiques associés aux eaux de surface. Il s’appuie sur ces critères appelés éléments de qualité qui peuvent être de nature biologiques (présence d’êtres vivants végétaux et animaux), hydromorphologique ou physico-chimiques. Le calcul de l’état écologique repose sur la mesures des différents indicateurs physico-chimiques (02, T°C, pH, nitrates, phosphates), biologique (IBG, IBD, I2M2) et sur la présence de polluants spécifiques (ex : cuivre, zinc, glyphosate, Métazachlore, Toluène, Métaldéhyde, etc.).
L’état chimique est l’appréciation de la qualité d’une eau sur la base des concentrations en polluants (métaux lourds, pesticides, polluants industriels et autres polluants) incluant notamment les substances prioritaires. L’état chimique comporte deux classes : bon et mauvais. Le bon état chimique d’une eau de surface est atteint lorsque les concentrations en polluants ne dépassent pas les normes de qualité environnementale. La norme de qualité environnementale est la concentration d’un polluant dans le milieu naturel qui ne doit pas être dépassée, afin de protéger la santé humaine et l’environnement.
L’état des lieux préparatoire au future SDAGE 2022-2027, publié en 2019, apporte plusieurs modifications par rapports aux précédents état des lieux. Tout d’abord l’introduction d’une expertise après le calcul automatique des états écologiques et chimiques, afin d’apporter à certains types de masses d’eau afin de confirmer leur état (les masses d’eau ayant changé d’état écologique depuis l’évaluation de 2015, les masses d’eau à la limite du bon état, les masses d’eau disposant de relevés piscicoles). Le SMDMCA a pris part courant 2019 à ces expertises pour les masses d’eau de son territoire. Ensuite, les états écologiques et chimiques sont soumis au calcul d’un indice de confiance permettant de juger de la robustesse de leur évaluation (bon, moyen et faible). Enfin, l’introduction des pressions « hydromorphologie » et « prélèvements », et des indicateurs « altérations hydromorphologiques et régulations des écoulements » (altération de la continuité, altération de l’hydrologie et altération de la morphologie).
Le SMDMCA peut être amené à réaliser des analyses ponctuelles dans le cadre d’études ou de travaux portés par le syndicat. Les mesures concernent dans la plupart des cas la température, l’oxygène dissous, le débit instantané, et plus rarement l’IBG, le pH ou les teneurs en nitrates et phosphates.